Türkiye ile Suriye arasındaki sorunlar tarihsel süreçte Hatay'ın statüsü ve sınır aşan sular gibi başlıklarla başlamış, özellikle Suriye İç Savaşı ile birlikte daha karmaşık bir hal almıştır. Günümüzde bu ilişkileri etkileyen temel meseleler arasında Suriye’den kaynaklanan güvenlik tehditleri ve terör örgütlerinin sınır bölgelerindeki varlığı ilk sıralarda yer alır. İç savaşın yarattığı büyük göç dalgası ve Türkiye’deki Suriyeli sığınmacıların durumu, hem sosyal hem de ekonomik açıdan ilişkilerin en önemli gündem maddelerinden biridir. Bunun yanı sıra bölgedeki otorite boşluğundan yararlanan farklı aktörlerin varlığı, sınır güvenliğinin sağlanması amacıyla yapılan askeri harekatlar ve tarafların bölgesel politikalarındaki farklılıklar, ikili ilişkileri zorlayan diğer başlıca sorunlardır.
Kıbrıs adası, Türkiye’nin güneyindeki güvenlik çemberinin en kritik halkasıdır ve Türkiye için stratejik bir ileri karakol görevi görür. Adanın Doğu Akdeniz'in merkezindeki konumu, Türkiye’nin deniz yetki alanlarını koruması ve bölgedeki hidrokarbon kaynakları üzerindeki haklarını savunabilmesi açısından hayati bir öneme sahiptir. Ayrıca, Kıbrıs'a hakim olan bir gücün Ortadoğu, Kuzey Afrika ve Avrupa arasındaki enerji ve ticaret yollarını kontrol edebilmesi, adayı bölgesel güç dengelerinde vazgeçilmez bir merkez haline getirir. Türkiye, Kıbrıs'ı hem tarihsel kültürel bağları hem de Anadolu'nun güvenliğini doğrudan ilgilendiren jeopolitik konumu nedeniyle "vatanın bir parçası" olarak değerlendirir. Adanın başka bir ülkenin kontrolüne geçmesi veya Türkiye'nin bölgedeki etkinliğinin azalması, Türkiye’nin deniz güvenliğini ve Doğu Akdeniz'deki stratejik çıkarlarını doğrudan riske atmaktadır
