Atom ekonomisinin yüksek olması demek, aslında bir laboratuvarda veya fabrikada ham maddeyi ne kadar akıllıca kullandığımızın en önemli kanıtıdır. Bir kimyasal tepkimeye giren tüm atomların büyük bir kısmının asıl istediğimiz ürünün içine girmesi, dışarıya atılan gereksiz madde miktarının çok azalması anlamına gelir. Bu durum doğayı korumak için çok değerlidir çünkü ne kadar az yan ürün çıkarsa o atıkları temizlemek için harcanan enerji ve çaba da o kadar azalır.
Ekonomik açıdan bakınca yüksek atom ekonomisi maliyetleri ciddi şekilde düşürür. Satın alınan pahalı ham maddelerin çöpe gitmek yerine doğrudan satabileceğimiz bir ürüne dönüşmesi daha fazla kazanç sağlar. Bu yaklaşım aynı zamanda yeşil kimya dediğimiz çevreci anlayışın en temel kuralıdır. Dünyadaki kısıtlı kaynakları israf etmeden kullanmamıza yardımcı olur. Daha az atık üretilmesi bu maddelerin taşınması veya özel tesislerde yok edilmesi gibi zor süreçleri de ortadan kaldırır.
İnsan sağlığı için de bu çok kritiktir. Kimyasal tepkimelerden çıkan yan ürünler genellikle zararlı maddelerdir ve atom ekonomisi yüksek olduğunda bu tehlikeli maddelerle uğraşmak zorunda kalmayız. Enerji verimliliği de bu sayede artar çünkü enerjimizi sadece ana ürünü elde etmek için kullanmış oluruz. Bu yöntemle çalışmak hem dünyayı daha temiz tutmamızı hem de daha az kaynakla daha verimli işler yapmamızı sağlar.