Bir fosil örneğinde çok az miktarda tespit edilen DNA örneğinin günümüzde bilinen canlıların DNA’sı ile karşılaştırılması mümkündür. Bu karşılaştırma ile fosilin hangi türe ait olduğu, soy ağacındaki yerini, evrimsel ilişkilerini ve genetik çeşitliliğini belirlemek gibi sonuçlara ulaşılabilir. Fosil DNA analizi, fosilleşmiş dokulardan veya kemiklerden DNA izolasyonu ve amplifikasyonu ile yapılır. Fosil DNA’nın kalitesi ve miktarı, fosilleşme süreci, çevresel faktörler, koruma koşulları ve kirlenme gibi etmenlere bağlıdır. Genellikle fosil DNA’sı bozulmuş, parçalanmış ve değişime uğramıştır. Bu nedenle, fosil DNA analizi için özel teknikler ve önlemler gereklidir. Fosil DNA analizi, arkeoloji, paleontoloji, antropoloji ve biyoloji gibi alanlarda önemli bir araçtır. Fosil DNA analizi ile soyu tükenmiş veya yaşayan türlerin genetik yapısı, kökeni, evrimi ve çeşitlenmesi hakkında bilgi edinilebilir. Örneğin, fosil DNA analizi ile Neandertallerin modern insanlarla olan genetik ilişkisi, mamutların neden yok olduğu, dinozorların kuşlarla olan akrabalığı gibi konular aydınlatılmıştır.
