Baba İshak isyanının Türkiye Selçuklu Devleti üzerindeki etkileri şunlar olmuştur:
-
Türkiye Selçuklu Devleti güç kaybetmiş ve merkezi otoritesini zayıflatmıştır.
-
Türkiye Selçuklu Devleti Alevi ve Sünni çatışmasına sahne olmuş ve toplumsal huzur bozulmuştur.
-
Türkiye Selçuklu Devleti Moğollara karşı savunmasız kalmış ve Kösedağ Savaşı’nda yenilmiştir.
-
Türkiye Selçuklu Devleti Anadolu’da ikinci Türk beylikleri döneminin başlamasına zemin hazırlamıştır.
