Metafizik, diğer bilimlerden farklı olarak, bilimsel yöntemlerin hiçbirini kullanmaz. Bilimin ilkeleri ve aşamaları, metafiziğin kuralları arasında sayılmaz. Metafizik, veri toplamaz ve bunları tasnif etmez. Bunun yerine, düşünerek maddeler arasında bağlantılar kurmaya çalışır. Olanlar ve olacaklar, yapılmışlar ve yapılacaklar arasında soyut örümcek ağları tahsis eder.
Metafizik, bilimden ziyade felsefeye daha yakın bir düşünme disiplinidir. Ancak, tarih boyunca metafizik alanında çalışmalar yapmış filozof ve düşünürlerin büyük çoğunluğu fizik ve kimya bilimleri ile yakından ilgilenen ve yoğun matematiksel hesaplamalar yapan kişilerdir. Metafizik matematiksel hesaplama gerektirir. Soyut kavramlar arasında ilişki kurmaya çalışırken, soyut bir bilim olan matematik, metafizik düşünürleri için çok kullanışlı ve yararlı bir araç olarak kabul edilir.
Özetle, metafizik, varlığın gerçekliği ve doğası üzerine araştırma yapan temel bir felsefe disiplinidir. Bilimde kullanılan önermelerin doğruluğu veya yanlışlığı ortaya konulabilirken, metafizikte önermelere yer verilmez. Bu özellikleri, metafiziği diğer bilimlerden ayırır.