Bileşik enzim, proteinin yanı sıra yardımcı madde içeren enzimlerdir. Bileşik enzimler, protein-vitamin veya protein-mineral şeklinde bileşimlerden oluşabilir. Bileşik enzimlerin protein kısmına apoenzim, yardımcı madde kısmına ise koenzim veya kofaktör denir. Bileşik enzimler, etki ettikleri maddeyi protein kısmı belirlerken, reaksiyonu gerçekleştirmek için yardımcı maddeye ihtiyaç duyarlar. Bileşik enzimlerin örnekleri arasında laktaz, amilaz, süksinat dehidrogenaz ve DNA polimeraz gibi enzimler sayılabilir.
