Roman, Saatleri Ayarlama Enstitüsü'nün kuruluşunda önemli bir rol oynayan Hayri İrdal’ın anıları üzerinden anlatılır. Halit Ayarcı'nın desteğiyle büyük bir üne ve servete kavuşan İrdal, çocukluk yıllarının hiç de bu şekilde geçmediğini ifade eder.
Saatlerle ilgili tek ilgisi olan ve toplumdan uzak bir çocukluk geçiren İrdal'ın gençlik yıllarındaki en değerli anısı, Muvakkit Nuri Efendi’dir. Saatler konusunda ona her şeyi öğreten bu filozof karakterli adam, aynı zamanda mahallelerindeki garip “hazine avlarının” da bir parçası olmuştur. Ancak, yarı deli Seyit Lutfullah etrafında gelişen hazine avları ve Aristidi Efendi'nin simya deneyleri, Hayri İrdal’ın babasının da yer aldığı bu kişileri zengin edecek hazineleri bulmalarını sağlayamamıştır.
Hayri İrdal’ın babası, zengin kardeşi Zarife’nin ölümünden sonra kısa bir süre mutluluk yaşamıştır. Ancak Zarife Hala, gömülmek üzere götürülürken yeniden dirilmiş ve para konusundaki tutumunu değiştirerek sürekli harcayan bir kadın haline gelmiştir.
Muvakkit Nuri Efendi’nin vefatından sonra ne yapacağını bilemeyen Hayri İrdal, I. Dünya Savaşı’nın başlamasıyla askere gider. Geri döndüğünde, zengin Abdüsselam Efendi'nin kızı Emine ile evlenir ve iki çocuk sahibi olur. Abdüsselam Efendi'nin ölümünden sonra, insanların onun artık hiç parası kalmadığını kabul etmemesi üzerine, Hayri İrdal’ın Abdüsselam Efendi’nin sürekli borç bulmasını açıklamak için uydurduğu “Şerbetçibaşı Elması” şakası ciddiye alınır. İrdal, bu elmasın gerçek olmadığını ispatlamaya çalışırken sinir krizi geçirip Adli Tıp’a gönderilir.
Doktor Ramiz tarafından “Baba Kompleksi” teşhisi konulan İrdal, karısının ölümünden sonra Pakize adında başka bir kadınla evlenir. Bu yıllarda, medyumları bir araya getiren İspritizma Cemiyeti’nde ve Cemal Bey’in şirketinde çalışır. Ancak Cemal Bey’in giderek hırçınlaşması sonucunda işten çıkarılır.
Sefalet içinde geçen bu dönemi, Doktor Ramiz’in aracılığıyla tanıştığı Halit Ayarcı sayesinde son bulur. Halit Ayarcı, İrdal’ın saat tamiri sırasında sergilediği tavırdan ve söylediklerinden etkilenerek, Hayri İrdal’ın etrafında Saatleri Ayarlama Enstitüsü’nü kurar.
Saatlere dair anlamsız ve absürt bir proje olan Enstitü, Hayri İrdal’ın tamamen uydurulmuş “Ahmet Zamani Efendi” kitabı gibi projelerle büyük ilgi görür ve büyük bir başarı elde eder. Hayri İrdal birdenbire zenginleşir, ünlü olur ve çevresindeki herkesin saygısını kazanarak büyük övgülerle anılmaya başlanır.
Uzun süre bu durumun saçmalığından yakınan İrdal, sonunda bu durumu kabullenir ve “içten ve dıştan bir saate benzeyen” Enstitü binasını tasarlayarak ününe ün katar. Halit Ayarcı, Enstitü ile ilgili kişilerin yaşayacağı Saat Evleri projesini de İrdal’a vermek ister, ancak bu iş ters gider.
“Yenilik” ve “orijinallik”ten uzaklaşanlar, kendi evlerine geldiğinde bu unsurları istemezler. Halit Ayarcı, bunu kendisine bir ihanet olarak görür ve kısa süre sonra Saatleri Ayarlama Enstitüsü “daimi bir tasfiye” sürecine girer. Halit Ayarcı ise, bu süreçten kısa süre sonra bir trafik kazasında hayatını kaybeder.
