Roman, 1591 kışında İstanbul'da geçmektedir. Şeküre adlı güzel bir kadının eşi, dört yıldır savaştan dönmemiştir. Şeküre'nin çocukluk aşkı olan ve aynı zamanda yeğeni olan Kara, aşkını açıkladığı için evden uzaklaştırılmıştır. On iki yıl sonra İstanbul'a dönen Kara, hala büyük bir sevgi duyduğu Şeküre ile evlenmenin yollarını aramaktadır.
Şeküre, babasıyla ve iki çocuğuyla yaşamaktadır. Kalbi ise Kara'nın yanı sıra, eşi Hasan’ın da içindedir. Şeküre’nin babası, padişahın emriyle gizli bir eser hazırlatmaktadır. Bu eserin Batı yöntemleriyle hazırlanması, onu özel kılmaktadır. Enişte Efendi, Osmanlı'nın ünlü minyatür sanatçıları Kelebek, Zeytin ve Leylek'i kitabın süslemeleri için görevlendirmiştir, süslemeleri ise Zarif Efendi üstlenecektir. Erzurumlu Hoca ve destekçileri, eserde dini ve geleneksel değerlere aykırı unsurlar olduğunu düşünmektedirler. Zarif Efendi de benzer düşünceler taşımaktadır.
Her gece, kahvede toplanan nakkaşlar ve hattatlar, bir meddahın Erzurumlu Hoca'ya karşı sivri dilli hikayelerini dinlemektedir. Zarif Efendi’nin işlerini engelleyen Zeytin isimli nakkaş, Zarif Efendi’yi öldürür. Romanın ilerleyen bölümlerinde, minyatür sanatı, üslup, Doğu ve Batı sanatları gibi konular derinlemesine ele alınırken, Zeytin’in suçunu örtbas etme çabaları da anlatılır. Sonunda, Zeytin suçunu itiraf eder ve nakkaşhanede öldürülür.
