II. Gıyaseddin Keyhüsrev Döneminde meydana gelen ayaklanma Babai Ayaklanması’dır. Bu ayaklanma, Anadolu’da yaşayan Türkmenlerin dini ve sosyal nedenlerle Anadolu Selçuklu Devleti’ne karşı başlattıkları bir isyandır. Ayaklanmanın lideri Baba İshak’tır. Ayaklanma 1240 yılında II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in ordusu tarafından bastırılmıştır.