Patojen, hastalığa neden olan her türlü organizma ve maddedir. Patojenler, çok hücreli organizmaların işleyişini ve hücre bütünlüğünü bozabilirler veya tek hücreli organizmaları enfekte edebilirler. Patojenler, bakteri, virüs, mantar, parazit, prion gibi farklı tiplerde olabilir. Patojenler, zatürre, tüberküloz, sıtma, AIDS, gıda zehirlenmesi, kuduz gibi çeşitli hastalıklara yol açabilirler. Patojenlerin bulaşması ve yayılması, insan sağlığı ve hayvan sağlığı için ciddi tehditler oluşturabilir.