Bir gen bölgesinden karşılıklı bir çift nükleotit kaybolursa, üretilecek proteinin yapısı ve işlevi değişebilir. Bu, çerçeve kayması mutasyonu olarak adlandırılır. Çerçeve kayması mutasyonu, DNA dizisindeki nükleotitlerin sayısının üçün katı olmayan bir şekilde artması veya azalması sonucu oluşur. Bu durumda, okuma çerçevesi kayar ve kodonlar farklı şekilde okunur. Bu da, amino asit dizisinin ve dolayısıyla proteinin değişmesine neden olur. Bazı durumlarda, erken dur kodonu oluşabilir ve protein sentezi yarıda kalabilir. Bu da, proteinin işlevini kaybetmesine veya zararlı olmasına yol açabilir.
