Çimlenme, tohumun uygun koşullarda filizlenerek yeni bir bitki oluşturması sürecidir. Çimlenme için su, sıcaklık ve oksijen gibi bazı faktörler gereklidir. Çimlenme sırasında tohumun içindeki embriyo büyüyerek kök, gövde ve yaprak gibi bitki organlarını oluşturur. Çimlenme, bitkilerin üreme ve yayılma şeklidir.
Tohumun su alması embriyoda metabolik değişiklikler başlatır. Su alan tohum genişler ve tohum kabuğu çatlar. Suyun alınmasından sonra enzimler, çenek ve besi dokudaki besin maddelerini sindirmeye başlar. Besin maddeleri ile embriyonun büyüyen kısımlarındaki hücrelerin bölünüp çoğalması için gerekli enerji sağlanır. Mitozla çoğalan embriyo hücreleri, farklılaşarak embriyonik kök ve embriyonik gövdenin gelişmesini sağlar. Tohum kabuğundan önce embriyonik kök çıkar ve yer çekimi yönünde toprak içinde büyüyerek bitkinin kökünü oluşturur. Sonra gövde çıkar. Gövde ve yapraklar toprak üstünde gelişir 
