Protistler içinde yer alan canlılardan bazılarını sınıflandırmak zordur, çünkü:
-
Protistler çok çeşitlidir: Protistler, hayvan, bitki veya mantar olarak sınıflandırılamayan ökaryot canlılardan oluşan çok heterojen bir gruptur. Protistlerin ortak özellikleri çok azdır ve beslenme, hareket, üreme, yapı ve yaşam döngüsü gibi pek çok açıdan farklılık gösterirler.
-
Protistlerin evrimsel ilişkileri belirsizdir: Protistler, tek soylu (monofiletik) değil, kısmi soylu (parafiletik) bir gruptur. Yani protistlerin ortak bir atadan geldiği, ancak bu atadan gelen diğer grupların (hayvanlar, bitkiler ve mantarlar) protistlerden ayrıldığı kabul edilir. Protistlerin evrimsel ilişkilerini belirlemek için ince yapı, biyokimyasal ve genetik özelliklere bakmak gerekir.
-
Protistlerin sınıflandırılması değişkendir: Protistlerin sınıflandırılması henüz tam olarak oturmamıştır. Geleneksel olarak protistler, hayvan benzeri (protozoa), bitki benzeri (alg) ve mantar benzeri (cıvık mantar ve su mantarı) olarak üç gruba ayrılırdı. Ancak bu gruplar birbirleriyle örtüşmekte ve filogenetik açıdan tutarlı olmamaktaydı. Güncel sınıflandırmalar, protistleri daha tek soylu gruplara ayırmaya çalışmaktadır.
