Bakteri ve arkeler prokaryot hücre yapısına sahip olmalarına rağmen aynı âlem içinde sınıflandırılmazlar, çünkü genetik, metabolik ve yapısal olarak birbirlerinden farklılık gösterirler. Bakteri ve arke arasındaki farklılıklardan bazıları şunlardır:
-
Hücre duvarı yapısı: Bakterilerin hücre duvarlarında peptidoglikan adı verilen bir molekül bulunurken, arkelerin hücre duvarlarında sahte peptidoglikan veya başka bileşikler bulunur.
-
Hücre zarı yapısı: Bakterilerin hücre zarlarında ester bağı ile bağlanmış yağ asitleri bulunurken, arkelerin hücre zarlarında eter bağı ile bağlanmış izoprenoidler bulunur.
-
Metabolik yollar: Bakteriler, oksijenli veya oksijensiz solunum, fermantasyon, fotosentez gibi çeşitli metabolik yollar kullanabilirken, arkeler daha çok aşırı ortamlarda yaşadıkları için metanojenlik, sülfat indirgeme, halojenasyon gibi özelleşmiş metabolik yollar kullanır.
-
Genetik materyal: Bakterilerin DNA’sı genellikle tek bir kromozomdan oluşurken, arkelerin DNA’sı birden fazla kromozomdan oluşabilir. Ayrıca bakterilerde tmRNA adı verilen özel bir RNA transkripti bulunurken, arkelerde bulunmaz .
-
Antibiyotiklere duyarlılık: Bakteriler, antibiyotiklere karşı hassas olabilir veya direnç geliştirebilirken, arkeler antibiyotiklere karşı dirençlidir. Bu nedenle bakteriler hastalık yapıcı olabilirken, arkeler genellikle patojen değildir.
