Yapay sınıflandırma, canlıların sadece dış görünüşlerine ve yaşadıkları yere göre gruplandırılmasıdır. Bu yöntem, canlıların evrimsel ilişkilerini ve gerçek akrabalık derecelerini yansıtmaz. Ayrıca, yapay sınıflandırma analog organları dikkate alır. Analog organlar, embriyolojik ve filogenetik kökenleri farklı, görevleri aynı olan organlardır. Örneğin, yarasa kanadı ile böcek kanadı analog organdır. Bu organlar, canlıların ortak bir atadan gelmediğini gösterir.
Yapay sınıflandırma, Aristoteles tarafından M.Ö. 4. yüzyılda yapılmıştır. O zamanlar, canlıların anatomik, fizyolojik ve genetik özellikleri hakkında yeterli bilgi yoktu. Bu nedenle, yapay sınıflandırma bilimsel bir yöntem olarak kabul edilmiyordu. Günümüzde, canlıların doğal sınıflandırması yapılır. Doğal sınıflandırma, canlıların akrabalık derecelerini yani evrimsel ilişkilerini göz önüne alarak yapılan sınıflandırmadır. Doğal sınıflandırmada homolog organlar dikkate alınır. Homolog organlar, embriyolojik ve filogenetik kökenleri aynı, görevleri farklı olan organlardır. Örneğin, insan kolunun kemikleri ile balina yüzgecinin kemikleri homolog organdır. Bu organlar, canlıların ortak bir atadan geldiğini gösterir.
Yapay sınıflandırma günümüzde kullanılmamaktadır, çünkü canlıların gerçek doğasını ve kökenini yansıtmaz. Yapay sınıflandırma, canlıları yanlış veya eksik gruplara ayırabilir. Yapay sınıflandırma, bilimsel araştırmalar için uygun değildir. Doğal sınıflandırma ise canlıların evrimsel tarihini ve biyolojik çeşitliliğini anlamak için daha güvenilir ve geçerli bir yöntemdir.
