Zararlı mikroskobik canlılar, insanlara veya diğer canlılara hastalık, bozulma, çürüme gibi zararlar veren mikroskobik boyuttaki canlılardır. Zararlı mikroskobik canlılar, bakteri, virüs, mantar, parazit gibi gruplara ayrılabilir. Zararlı mikroskobik canlılar, sıtma, verem, tifo, tetanos, grip, kuduz gibi hastalıklara neden olabilirler. Ayrıca besinlerin küflenmesine, çürümesine, ekşimesine sebep olabilirler. Zararlı mikroskobik canlılarla mücadele etmek için hijyen kurallarına uymak, aşı olmak, antibiyotik kullanmak gibi yöntemler uygulanabilir.
