Karluk Türkleri’nin yıkılış sebebi, Moğol istilasıdır. Karluk Türkleri, 13. yüzyılda Orta Asya’yı fetheden Moğollar karşısında direnememiş ve onların egemenliğini kabul etmek zorunda kalmışlardır. Karluk Türkleri’nin kurduğu Karahanlı Devleti, 1212 yılında Moğollar tarafından yıkılmıştır. Karluk Türkleri, daha sonra Moğol yönetimindeki Çağatay Hanlığı’na bağlanmış ve beylik düzeninde yaşamaya devam etmişlerdir. Karluk Türkleri, 14. yüzyılda Timur İmparatorluğu’nun kurulmasıyla da onun hakimiyetine girmişlerdir.
