Kutsal yerler sorunu, farklı dinlerin kutsal saydığı yerlerin kimin kontrolünde olması gerektiği konusunda ortaya çıkan siyasi ve dini bir sorundur. Bu sorun, özellikle Ortadoğu gibi tarihi ve kültürel olarak zengin bölgede çok önemlidir. Kudüs ve çevresi Hristiyanlar tarafından kutsal sayılmaktadır. Hz. İsa’nın doğduğu mağara, Kutsal Mezar Kilisesi, Kamame Kilisesi gibi yerler Hristiyanların ibadet ve ayin haklarına sahiptir. Bu yerlerin koruyuculuğu, hizmetleri ve anahtarları üzerinde Ortodoks ve Katolik Hristiyanlar arasında sürekli bir rekabet vardır.
Osmanlı Devleti, Kudüs’ü Yavuz Sultan Selim döneminde ele geçirdikten sonra kutsal yerlerin hakları ve ayrıcalıklarını Rum ve Ermenilere yeni menşurlarla vermiştir. Ancak daha sonra Fransa ve Rusya gibi Avrupa devletleri bu konuda Osmanlı’ya baskı yapmaya başlamıştır. Fransa, Katoliklerin koruyucusu olma iddiasında bulunurken, Rusya da Ortodoksların hamisi olma amacıyla Osmanlı’ya müdahale etmiştir. Bu durum Kırım Savaşı’nın da nedenlerinden biri olmuştur.
Kutsal yerler sorunu Osmanlı Devleti yıkılana kadar devam etmiştir. Bugün de Kudüs’teki kutsal yerler İsrail ile Filistin arasında bir anlaşmazlık konusudur.
