Genotip frekansı, bir popülasyonda belirli bir genetik yapının (genotipin) oranını veya sıklığını ifade eder. Genotip frekansı, belirli bir genotipi taşıyan bireylerin sayısının popülasyondaki toplam birey sayısına bölünmesi ile hesaplanabilir. Örneğin, A ve a allelleri olan bir gen için, AA, Aa ve aa genotipleri vardır. AA genotipinin frekansı p^2, Aa genotipinin frekansı 2pq, aa genotipinin frekansı q^2 olarak gösterilir. Burada p, A allelinin frekansı, q ise a allelinin frekansıdır. Genotip frekansı, p^2 + 2pq + q^2 = 1 gibi bir denkleme bağlıdır. Bu denklem, Hardy-Weinberg denklemi olarak bilinir ve popülasyonun genetik dengede olduğunu varsayar.
