Hücre zarı ile hücre çeperi arasındaki fark, hücre zarının canlı, esnek, seçici geçirgen, ince ve tüm hücrelerde bulunan bir yapı olması; hücre çeperinin ise cansız, sert, tam geçirgen, kalın ve sadece bitki, mantar ve prokaryot hücrelerde bulunan bir yapı olmasıdır.
Hücre zarı, karbonhidrat, yağlar ve proteinlerden oluşur. Hücre çeperinin yapısı ise canlı türüne göre değişir. Bitkilerde selüloz, mantarlarda kitin, bakterilerde peptidoglikan, arkebakterilerde sahte peptidoglikan içerir.
Hücre zarı, hücreye şekil verir, onu korur ve madde alışverişini sağlar. Hücre çeperi ise hücreye dayanıklılık kazandırır ve hücreyi patlamaktan korur.
