Canlılarda cinsiyetin belirlenmesi, kromozomlar üzerindeki genetik bilgiye bağlıdır. İnsanlarda toplam 46 kromozom bulunur ve bunların 44 tanesi vücut özelliklerimizi belirleyen otozomlardır. Geriye kalan 2 tanesi ise cinsiyet kromozomlarıdır ve biz bunlara gonozom deriz. Kadınlarda bu kromozomlar XX, erkeklerde ise XY olarak adlandırılır. Erkeklerdeki Y kromozomu, temel olarak bir erkeğin biyolojik gelişimini başlatan ve yöneten SRY genini taşır. Bu gen, embriyonik gelişim sırasında testislerin oluşumunu sağlayan sinyalleri verir. Eğer bu Y kromozomu ve üzerindeki SRY geni olmasaydı, biyolojik süreç farklı bir yönde ilerlerdi.
Y kromozomu, X kromozomuna göre oldukça küçüktür ve çok daha az gen içerir. Bu durum biyolojik olarak oldukça ilginçtir çünkü X kromozomu yaşam için gerekli olan pek çok gen barındırırken, Y kromozomu sadece erkekliğe özgü gelişim özelliklerini kodlamaya odaklanır. Yani erkeklerin cinsiyet kromozomunun farklı olması, üreme sisteminin ve buna bağlı ikincil cinsiyet özelliklerinin, genetik seviyede kendine has bir "talimat seti" ile başlamasını sağlar. Evrimsel süreçte bu farklılaşma, eşeyli üreyen türlerde çeşitliliği artırmak ve üreme başarısını desteklemek için gelişmiştir. Kısacası, Y kromozomu sadece bir farklılık değil, aynı zamanda erkek vücudunun gelişim planındaki temel tetikleyicidir.
