Ototrof ve saprofit bakteriler arasındaki fark, besin kaynakları ve enerji elde etme yöntemleridir. Ototrof bakteriler, kendi organik besinlerini sentezleyebilen bakterilerdir. Enerjilerini güneş ışığından (fotoototrof) veya inorganik maddelerin oksidasyonundan (kemoototrof) alırlar. Saprofit bakteriler ise, ölü veya çürümekte olan organik maddelerden beslenen bakterilerdir. Enerjilerini organik bileşikleri parçalayarak elde ederler. Bu nedenle, ototrof bakteriler üretici, saprofit bakteriler ise ayrıştırıcı olarak adlandırılırlar.
