Pürin ve pirimidin arasındaki fark, halka sayıları ve nitrojen atomlarının konumlarıdır. Pürinler, adenin (A) ve guanin (G) gibi, iki halkalı moleküllerdir. Pirimidinler, timin (T), sitozin © ve urasil (U) gibi, tek halkalı moleküllerdir. Pürinlerde nitrojen atomları 1, 3, 7 ve 9 numaralı karbonlara bağlıdır. Pirimidinlerde ise nitrojen atomları 1 ve 3 numaralı karbonlara bağlıdır. Bu farklar, pürin ve pirimidinlerin birbirleriyle nasıl eşleştiklerini belirler.
