E. coli kromozomu, yaklaşık 4.6 milyon baz çifti içeren tek bir çembersel DNA molekülüdür. Genomik analizler, bu DNA molekülünün muhtemelen 4288 proteini kodlayan gen içerdiğini ortaya koymuştur. Bu sayı, E. coli’nin genom büyüklüğünün yaklaşık %88’ine karşılık gelir.
