Question

Southern blotlama nedir?

Answer 1

Southern blotlama, DNA moleküllerinin boyutuna göre ayrıldığı bir jel elektroforezinden sonra, katı bir zara aktarıldığı ve spesifik bir DNA dizisini tespit etmek için etiketli bir prob ile hibridize edildiği bir laboratuvar tekniğidir. Southern blotlama, Edward Southern tarafından geliştirilmiş ve onun adıyla anılmıştır. Southern blotlama, gen tanımlama, klonlama, somatik yeniden düzenleme, transgen tanımlama, DNA metilasyonu analizi, genetik hastalıkların tanısı ve adli vakalar gibi moleküler biyolojinin çeşitli alanlarında kullanılmaktadır. 

Southern blotlama, şu adımları içerir:

• DNA izolasyonu: Çalışılacak DNA örneği çeşitli dokulardan saflaştırılır.
• Restriksiyon enzimi sindirimi: DNA örneği restriksiyon enzimleri ile belirli bölgelerden kesilerek değişen uzunluklarda DNA fragmanları oluşturulur.
• Jel elektroforezi: DNA fragmanları jel elektroforezi ile boyutlarına göre ayrılır. Daha küçük fragmanlar daha hızlı hareket eder.
• Denatürasyon: Jeldeki çift sarmallı DNA fragmanları yüksek pH ile tek sarmallara ayrılır veya denatüre edilir.
• Blotlama: Denatüre edilmiş DNA fragmanları jelden katı bir zara aktarılır. Bu transfer basınç veya kılcal hareket kullanılarak yapılır. DNA fragmanları zara kalıcı olarak bağlanır.
• Hibridizasyon: Zara aktarılan DNA fragmanları etiketli bir DNA probu ile muamele edilir. Prob, ilgilenilen hedef diziyi tamamlayıcı olan kısa, tek sarmallı bir DNA molekülüdür. Prob, radyoaktif, flüoresan veya kimyasal bir etiketle etiketlenir. Prob, spesifik olarak tamamlayıcı sekanslar içeren DNA fragmanlarına bağlanır.
• Algılama: Etiketli probu görselleştirmek için otoradyografi (radyoaktif problar için), floresan görüntüleme (floresan problar için) veya kemilüminesans (kimyasal olarak etiketlenmiş problar için) yoluyla algılama yapılır. Bu şekilde, orijinal DNA örneğindeki hedef DNA dizisinin varlığı ve miktarı belirlenir.