Su bitkilerinin ekosistemdeki yeri, sucul canlılara oksijen, besin, barınak ve üreme ortamı sağlamalarıdır. Su bitkileri ayrıca suyun kimyasal ve fiziksel özelliklerini etkileyerek su kalitesini belirlerler. Su bitkileri, fotosentez yaparak karbondioksidi azaltır, organik madde üretir ve suya oksijen verirler. Su bitkileri, sucul hayvanlar için besin zincirinin temelini oluştururlar. Su bitkileri, sucul hayvanlar için saklanma, korunma ve üreme alanları sunarlar. Su bitkileri, suyun sıcaklığını, pH’ını, tuzluluğunu ve ışık geçirgenliğini etkileyerek su ortamının fiziksel özelliklerini değiştirirler.