Bu canlıların sayıca azalması, azot döngüsü ve toprak verimliliği gibi alanlarda sorunlara yol açabilir. Çünkü, nitrit ve nitrat bakterileri, toprakta bulunan amonyak (NH 3 ) veya nitrit (NO 2 -) gibi azotlu bileşikleri oksitleyerek kimyasal enerji elde eder ve bu enerjiyi CO 2 ve H 2 O’dan glikoz üretmek için kullanır. Bu olaya nitrifikasyon denir. Nitrifikasyon olayı ile hem kemosentez yapan bakteriler kendi besinlerini üretir hem de amonyak bitkilerin alabileceği nitrata dönüştürülmüş olur. Bu sayede, bitkiler azotu topraktan kökleriyle nitrat (NO 3 -) veya amonyum (NH 4 +) şeklinde alabilir. Azot, tüm canlıların gereksinim duyduğu ana elementlerden biridir. Dolayısıyla, kemosentez yapan nitrit ve nitrat bakterileri, azot döngüsünün gerçekleşmesine ve toprak verimliliğinin artmasına katkı sağlarlar. Eğer bu canlıların sayısı azalırsa, azot döngüsü bozulabilir ve toprak verimliliği düşebilir. Bu da bitki ve hayvan yaşamını olumsuz etkileyebilir.
