Doğal gübre kullanımının seradaki karbondioksit miktarını arttırabileceği doğrudur. Çünkü doğal gübre, organik maddelerin mikroorganizmalar tarafından parçalanması sonucu oluşan bir maddedir. Bu parçalanma sırasında, organik maddelerdeki karbonun bir kısmı karbondioksit olarak açığa çıkar. Bu karbondioksit, seranın içindeki havada birikerek atmosferik konsantrasyonun üzerine çıkabilir. Karbondioksit, bitkilerin fotosentez yapması için gerekli olan bir gazdır. Bitkiler, karbondioksiti kullanarak şeker ve oksijen üretirler. Ancak bitkilerin fotosentez yapabilmesi için yeterli ışık ve suya da ihtiyaçları vardır. Eğer seradaki ışık ve su koşulları yetersiz ise, bitkiler karbondioksiti tüketemeyebilir veya tükettiklerinden daha az tüketebilirler. Bu durumda, doğal gübre kullanımıyla artan karbondioksit miktarı serada kalır ve fotosentez oranını arttırmaz.
