Embriyo kesesi, kapalı tohumlu bitkilerde tohum taslağının içinde oluşan ve döllenmeye hazır hale gelen bir yapıdır. Embriyo kesesi, mayoz bölünme sonucu oluşan megasporun mitoz bölünmelerle sekiz haploit (n) çekirdek içeren bir keseye dönüşmesiyle meydana gelir. Bu çekirdeklerden biri yumurta hücresi, iki tanesi sinerjit, iki tanesi antipot ve üç tanesi de polar çekirdek olarak adlandırılır. Embriyo kesesinin yapısı ve şekli bitki türlerine göre değişiklik gösterebilir.
Embriyo kesesinin önemi, bitkilerde eşeyli üreme ve tohum oluşumunda rol oynamasıdır. Embriyo kesesinde çift döllenme adı verilen bir olay gerçekleşir. Bu olayda, polen tüpünden gelen iki erkek gamet hücresi, embriyo kesesindeki iki farklı hücreyle birleşir. Bir erkek gamet hücresi yumurta hücresiyle birleşerek zigotu (2n) oluşturur. Zigot, mitoz bölünmelerle bitki embriyosunu (2n) meydana getirir. Diğer erkek gamet hücresi ise iki polar çekirdek (n+n) ile birleşerek triploit (3n) endosperm çekirdeğini oluşturur. Endosperm, tohumda embriyo için depolanmış besin kaynağıdır. Çift döllenme sonucunda, tohum taslağı tohuma, yumurtalık ise meyveye dönüşür.
