Protein ve polipeptit arasındaki fark, amino asit sayısı ve moleküler ağırlık ile ilgilidir. Genel olarak, polipeptitler 10 ile 100 arasında amino asit içeren, daha küçük ve daha basit moleküllerdir. Proteinler ise 100’den fazla amino asit içeren, daha büyük ve daha karmaşık moleküllerdir. Proteinler, bir veya daha fazla polipeptit zincirinin bir araya gelmesiyle oluşur. Proteinler, polipeptit zincirlerinin katlanması, kesilmesi veya modifikasyonu sonucunda üç boyutlu bir yapı kazanır. Bu yapı, proteinin biyolojik işlevini belirler. Polipeptitler ise genellikle doğrusal veya dairesel bir yapıya sahiptir ve proteinlere göre daha az işlevsel ve çeşitlidir.
