Babailer İsyanı, Anadolu’da birçok olumsuzluklara neden olmuştur. Bunlardan bazıları şunlardır:
-
Anadolu Selçuklu Devleti’nin otoritesinin zayıflaması ve güç kaybetmesi. Bu durum, Moğolların Anadolu’yu işgal etmesine ve Selçukluların onların vassalı haline gelmesine yol açmıştır.
-
Anadolu’da dirlik ve düzenin bozulması, binlerce insanın hayatını kaybetmesi, iktisadi hayatın zarar görmesi. Babailer İsyanı, Anadolu’nun çeşitli bölgelerinde yağma, talan, katliam ve yıkıma neden olmuştur.
-
Anadolu’da mezhep çatışmalarının artması ve toplumsal bütünlüğün zedelenmesi. Babailer İsyanı, Sünni ve Alevi Türkmenler arasında derin bir ayrışmaya sebep olmuştur.
