Doku ve organ nakillerinde karşılaşılan problemlerin başında, yeterli sayıda bağışçının olmaması gelmektedir. Türkiye’de organ bağış oranı oldukça düşüktür. Bunun nedenleri arasında, dini, kültürel, psikolojik ve hukuki faktörler sayılabilir. Organ bağışını artırmak için, toplumsal farkındalık yaratmak, eğitim vermek, bağışçıların haklarını korumak ve organ ticaretini önlemek gibi çeşitli çalışmalar yapılmaktadır.
Doku ve organ nakillerinde bir diğer problem, nakil sonrası ortaya çıkabilecek komplikasyonlardır. Nakil edilen organ veya dokunun vücut tarafından reddedilmesi, enfeksiyon, kanama, tromboz gibi ciddi sorunlara yol açabilir. Bu sorunları önlemek veya azaltmak için, uygun doku grubu seçimi, immünosupresif ilaç kullanımı, nakil sonrası takip ve bakım gibi önlemler alınmaktadır.
Doku ve organ nakillerinde bir başka problem de etik boyuttur. Özellikle yüz ve kompozit doku nakilleri gibi yeni teknolojiler, hem verici hem de alıcı açısından pek çok etik soru gündeme getirmektedir. Bu sorular arasında, kimlik, kişilik, mahremiyet, rıza, adalet, fayda-zarar analizi gibi konular bulunmaktadır. Bu konularda farklı görüşler olabileceği için, biyoetik ilkelerine uygun bir şekilde karar vermek gerekmektedir.
