Evrimsel kökenlerin belirlenmesinde kullanılan kriterler, canlıların sınıflandırılmasında kullanılan kriterlere benzerdir. Genel olarak, iki tür sınıflandırma vardır: yapay (ampirik) sınıflandırma ve doğal (filogenetik) sınıflandırma.
Yapay sınıflandırma, canlıların dış görünüşlerine, şekillerine, işlevlerine ve yaşadıkları yere göre yapılan sınıflandırmadır. Bu sınıflandırma, canlıların evrimsel kökenlerini ve akrabalık derecelerini yansıtmaz. Bu yüzden bilimsel değildir. Örneğin, yarasa ve kuş gibi kanatlı hayvanlar yapay sınıflandırmada bir arada gruplanabilir, ancak bunlar farklı sınıflara ait hayvanlardır.
Doğal sınıflandırma, canlıların köken benzerliklerine, akrabalık derecelerine, sahip oldukları homolog yapılarına ve genetik benzerliklerine göre yapılan sınıflandırmadır. Bu sınıflandırma, canlıların evrimsel tarihlerini ve ortak atalarını yansıtır. Bu yüzden bilimsel ve güvenilirdir. Örneğin, yarasa ve insan gibi memeli hayvanlar doğal sınıflandırmada bir arada gruplanabilir, çünkü bunlar aynı sınıfa ait hayvanlardır.
Evrimsel kökenlerin belirlenmesinde, doğal sınıflandırmanın kriterleri daha uygun ve anlamlıdır. Bu kriterler, canlıların ortak atalarını, evrimsel süreçlerini, filogenetik ağaçlarını ve moleküler saatlerini ortaya çıkarmak için kullanılabilir. Ayrıca, evrimsel gelişim biyolojisi, canlıların embriyonik gelişimlerini karşılaştırarak, yeni özelliklerin kazanılmasında ve ortaya çıkmasında nasıl etki ettiklerini, gelişimsel plastisitenin evrimdeki rolünü, ekolojik etkenlerin gelişime ve evrimsel değişime nasıl yol açtıklarını, yakınsak evrimin ve homolojinin gelişimsel temellerini gibi konuları ele alır.
