İstanbul ve Boğazların yönetiminin TBMM Hükûmetine bırakılması, İstanbul Hükûmetinin varlığı açısından sonun başlangıcı olmuştur. Mudanya Ateşkes Antlaşması ile 11 Ekim 1922’de imzalanan bu karar, Türk Kurtuluş Savaşı’nın zaferle sonuçlanmasını ve Türkiye Büyük Millet Meclisi’nin uluslararası alanda tanınmasını sağlamıştır. İstanbul Hükûmeti ise, bu antlaşmayla birlikte siyasi ve askeri gücünü kaybetmiş, işgalci devletlerin baskısı altında kalmış ve TBMM ile arasındaki çatışma derinleşmiştir. 1 Kasım 1922’de TBMM tarafından saltanatın kaldırılması kararı alınmış ve İstanbul Hükûmeti’nin başkanı olan son sadrazam Tevfik Paşa istifa etmiştir. Böylece, İstanbul Hükûmeti’nin varlığı fiilen ve resmen sona ermiştir.
