Hıyanet-i Vataniye Kanunu'nun çıkarılması ve İstiklal Mahkemelerinin kurulması, Büyük Millet Meclisi'ne karşı çıkan ayaklanmaların bastırılmasında çok etkili olmuştur. Hıyanet-i Vataniye Kanunu, vatan hainliği suçunu tanımlayarak, isyan edenlerin cezalandırılmasının yasal zeminini oluşturmuştur. Bu kanunla, meclise karşı gelen herkesin cezalandırılacağı mesajı verilmiştir.
Kanunun uygulanması için kurulan İstiklal Mahkemeleri ise, isyan bölgelerinde hızlı ve etkili kararlar almıştır. Bu mahkemeler, normal mahkemelerin aksine hızlı yargılama yaparak isyancıları kısa sürede cezalandırmış ve bu durum, isyanların daha fazla büyümesini engellemiştir. Mahkemeler, yaptıkları hızlı yargılamalarla isyanları çıkaranlara gözdağı vermiş ve bu şekilde halkın devlete olan güvenini yeniden sağlamıştır.
Bu iki adım, merkezi otoritenin güçlenmesini sağlamış ve Milli Mücadele'nin başarıya ulaşması için gerekli olan iç düzeni sağlamıştır.