Nizam-ı Cedid yeniliklerini ve III. Selim dönemini sona erdiren isyan, Kabakçı Mustafa İsyanı'dır.
1807 yılında başlayan bu isyan, özellikle Nizam-ı Cedid ordusunun kurulmasından hoşnut olmayan ve kendi ayrıcalıklarının tehdit altında olduğunu düşünen Yeniçeriler ile bu yeniliklere karşı olan ulemâ ve diğer grupların desteğiyle büyümüştür. İsyan sonucunda padişah III. Selim tahttan indirilmiş, yerine IV. Mustafa geçirilmiş ve Nizam-ı Cedid kurumları tamamen ortadan kaldırılmıştır.
