Şemsi Efendi Okulu, kurulduğu dönemdeki geleneksel eğitim veren sıbyan mektepleri ve medreselerden çok farklı bir yapıdaydı. Bu okulu diğerlerinden ayıran en belirgin özellik, "usul-i cedid" yani yeni yöntem ile eğitim vermesiydi. Geleneksel okullar daha çok dinî ağırlıklı, ezbere dayalı bir eğitim verirken, Şemsi Efendi Okulu çağdaş ve modern bir eğitim anlayışını benimsemişti.
Bu okulda, geleneksel okullarda bulunmayan sıra, öğretmen masası, kara tahta, tebeşir ve harita gibi modern eğitim araç ve gereçleri kullanılıyordu. Eğitim, ezbercilikten ziyade anlamaya ve öğrenmeye dayanıyordu. Öğrencilerin sosyal gelişimine önem veriliyor, ders aralarında teneffüsler yapılıyor, beden eğitimi dersleri (jimnastik) ve hatta şehir içi geziler düzenleniyordu. Bu pedagojik uygulamalar, o dönem için çok yenilikçiydi. Okuma-yazma öğretiminde de eski heceleme yöntemi yerine harflerin seslerine dayalı daha hızlı ve etkili bir yöntem uygulanıyordu. Bu okul, Selanik'te açılan ilk özel Türk okullarından biriydi ve Mustafa Kemal Atatürk'ün de ilköğrenimine başladığı yer olmasıyla ayrı bir önem taşır.
