Güneş lekelerinin nasıl oluştuğunu anlamak için Güneş'in katı bir küre olmadığını, plazma adı verilen aşırı sıcak ve elektrik yüklü bir gaz okyanusu olduğunu düşünmemiz gerekiyor. Bu devasa plazma küresi kendi etrafında dönerken her yerde aynı hızda dönmüyor. Ekvator kısmı, kutuplara göre çok daha hızlı dönüyor. Bu farklı dönüş hızları, Güneş'in içinden geçen devasa manyetik alan çizgilerini zamanla birbirine doluyor, büküyor ve kocaman bir düğüm haline getiriyor.
Bu manyetik çizgiler iyice gerilip düğümlendiğinde, tıpkı gerilmiş bir lastik gibi tepki vererek yüzey dediğimiz fotosferden dışarı fırlıyorlar. Yüzeye çıkan bu son derece güçlü manyetik alan, Güneş'in iç kısımlarında kaynayan sıcak gazların yukarıya çıkmasını, yani konveksiyon hareketini fiziksel olarak engelliyor. İçerideki o sıcak gaz yukarı çıkamayınca, o bölge etrafına göre çok daha soğuk kalıyor. Güneş'in normal yüzey sıcaklığı yaklaşık altı bin derece iken, bu yoğun manyetik bölgelerin sıcaklığı üç veya dört bin dereceye kadar düşüyor. İşte sırf bu sıcaklık farkından dolayı, o bölgeler aslında kendi başlarına oldukça parlak olmalarına rağmen bizim gözümüze çevrelerine kıyasla karanlık lekeler şeklinde görünüyor.
Bu lekelerin Güneş'in atmosferine olan etkilerine geniş bir perspektiften bakarsak, olayın sadece yüzeydeki karanlık bir noktadan ibaret olmadığını rahatlıkla görürüz. Güneş lekelerinin olduğu bu alanlar, inanılmaz büyüklükte bir manyetik enerji depolar. Bu karmaşık ve gergin manyetik çizgiler aniden koptuğunda veya yeniden şekillendiğinde o devasa enerji bir anda serbest kalır. Serbest kalan bu enerji, Güneş'in üst atmosferi olan kromosfer ve korona tabakalarına doğru inanılmaz bir şiddetle püskürür. Daha önce konuştuğumuz o güneş patlamaları ve koronal kütle atımları (CME) dediğimiz devasa plazma fırtınaları, tam olarak bu güneş lekelerinin bulunduğu dengesiz manyetik bölgelerde meydana gelir. Kendi başlarına küçük ve karanlık görünen bu lekeler, aslında Güneş atmosferini fırtınalara boğan, radyasyon yayan ve korona tabakasını milyonlarca dereceye kadar ısıtan o muazzam olayların ana motorudur.
