Amfibiler ve sürüngenlerin günümüzde karşı karşıya kaldığı tehlikeleri, biyoloji derslerinde sıkça işlediğimiz ekosistem bozulmaları çerçevesinde ele alabiliriz. Her iki canlı grubunun da karşılaştığı açık ara en büyük sorun, habitatlarının, yani doğal yaşam alanlarının yok olması veya parçalanmasıdır. Ormanların tarım alanlarına dönüştürülmesi, sulak alanların kurutularak binalar inşa edilmesi ve yolların doğal ortamları ikiye bölmesi, bu hayvanların üreme ve beslenme bölgelerini ellerinden alır. Özellikle amfibiler gibi hem suya hem karaya ihtiyaç duyan canlılar için bu durum çok daha yıkıcıdır.
Bunun yanında iklim değişikliği de çok ciddi bir tehdit unsurudur. Sürüngenler gibi kendi vücut sıcaklıklarını ortamdan alan canlılar için sıcaklık dalgalanmaları büyük bir stres kaynağıdır. Örneğin deniz kaplumbağalarının yavrularının cinsiyeti, yumurtanın kuma gömülü olduğu yerdeki sıcaklığa göre belirlenir ve artan sıcaklıklar sadece dişi yavruların doğmasına neden olarak türün devamlılığını tehlikeye atar. Kirlilik ise amfibileri çok daha hızlı etkiler. Geçirgen derileri sayesinde, tarım ilaçları veya kimyasal atıklar doğrudan vücutlarına nüfuz eder ve büyük kitle ölümlerine sebep olur. Ayrıca sadece onlara özgü olan Batrachochytrium dendrobatidis (kısaca Bd) adlı bir mantar hastalığı, dünya çapında kurbağa popülasyonlarını neredeyse yok olma noktasına getirmiştir.
Herpetologlar bu devasa sorunlarla mücadele edebilmek için çeşitli yöntemler geliştiriyorlar. İlk olarak saha çalışmaları yaparak hangi türlerin risk altında olduğunu ve doğal alanlarının nasıl korunması gerektiğini tespit ediyorlar. Çoğu zaman bu koruma çalışmaları, doğal alanların milli park veya koruma alanı ilan edilmesiyle sonuçlanıyor. Hastalık veya kirlilik yüzünden tamamen yok olma tehlikesi altındaki türleri ise laboratuvarlara veya özel hayvanat bahçelerine alarak yapay ortamlarda üretiyorlar. Bu esaret altında üretilen yavrular, doğal ortam güvenli hale geldiğinde tekrar doğaya bırakılıyor.
Bunun yanı sıra yerel halkla da büyük bir iş birliği içindedirler. Çiftçilere tarım ilaçlarının zararları anlatılıyor ve yolları geçerken araçlar altında ezilmemeleri için hayvanlara özel ekolojik köprüler inşa ediliyor. Herpetologlar sadece bilimsel araştırma yapmakla kalmıyor, aynı zamanda bu canlıların sesini duyurarak yasaların değişmesi için mücadele eden birer doğa savunucusu olarak da çalışıyorlar.
