Çok hücreli organizmaların gelişimine bağlı olarak, bir hücreli organizmalarda bulunmayan özel problemler şunlardır:
-
İç çevreden atıkların uzaklaştırılması: Çok hücreli organizmalarda, hücrelerin metabolik faaliyetleri sonucu oluşan atık maddelerin dış ortama taşınması için özel sistemler gerekir. Bir hücreli organizmalarda ise, atıklar doğrudan hücre zarından difüzyon veya aktif taşıma ile uzaklaştırılabilir.
-
Besin maddelerinin bütün hücrelere dağıtılması: Çok hücreli organizmalarda, hücrelerin yaşamsal faaliyetlerini sürdürebilmesi için gerekli olan besin maddelerinin alınması ve bütün hücrelere ulaştırılması için özel sistemler gerekir. Bir hücreli organizmalarda ise, besin maddeleri doğrudan hücre zarından difüzyon veya aktif taşıma ile alınabilir.
-
Hücre içi ve hücreler arası kontrol ve koordinasyon: Çok hücreli organizmalarda, farklılaşmış ve özelleşmiş hücrelerin birlikte çalışabilmesi ve uyumlu bir şekilde gelişebilmesi için sinyal molekülleri, gen düzenleyicileri, hormonlar ve sinir sistemi gibi mekanizmalar gerekir. Bir hücreli organizmalarda ise, kontrol ve koordinasyon daha basit düzeydedir.