"Küçük Ağa," savaş sonrası köyüne yorgun bir şekilde dönen Çolak Salih’in öyküsünü anlatır. Savaşta kolunu kaybeden Çolak Salih, köyündeki Yunanlılara düşman olmuştur. Ancak, savaşta birlikte olduğu arkadaşı Niko ile iletişimini kesmemiştir. Köy halkı, Salih’in bu arkadaşlığı nedeniyle onu dışladığı için Salih yalnız kalır.
Yalnızlık nedeniyle Yunan birlikleriyle yakınlaşan Salih, padişahın destekçisi olarak köyüne bir öğretmen gönderilmesini sağlayan hükümetle karşılaşır. Öğretmen, padişahın lehine vaazlar vermeye başlar. Ancak, Osmanlı İmparatorluğu'nun işgaline karşı çıkan gruplar tarafından hedef haline gelir.
Hoca, bu durum karşısında bir tavır almak zorunda kalır ve köyü terk eder. Salih, Hoca’nın peşinden giderek onu bulur ve ikna eder. Sonunda ikisi birlikte Kuvayı Milliye’ye katılırlar. Hoca köyde Küçük Ağa olarak tanınmaya başlar. İlk olarak Çerkez Ethem ile iş birliği yapar, ancak Ethem’in tavırlarından hoşlanmayarak onunla aralarını açar. Roman, Kurtuluş Savaşı’nın hız kazanmasını ve Kuvayı Milliye’nin güçlenmesini ele alır.
