Hücre zarının özgüllüğünü sağlayan molekül protein molekülüdür. Protein molekülleri, hücre zarının yüzeyinde veya içinde yer alarak hücrenin madde alışverişi, sinyal iletimi, tanıma, bağlanma gibi işlevlerini gerçekleştirir. Protein moleküllerinin sayısı, şekli, dağılımı ve özellikleri, hücrenin türüne, işlevine ve çevresine bağlı olarak değişir. Bu nedenle, protein molekülleri hücre zarının özgüllüğünün temel kaynağıdır.