Genetiği değiştirilmiş organizmalar ve ürünler, biyogüvenlik açısından şu gibi sorunlar oluşturmuştur:
-
Genetiği değiştirilmiş organizmaların doğal çevreye, biyolojik çeşitliliğe, ekosistem dengesine ve insan sağlığına olası zararları henüz tam olarak bilinmemektedir. Bu organizmaların doğaya salınması, istenmeyen gen akışlarına, genetik kirlenmeye, alerjenik veya toksik etkilere, dirençli zararlılara veya yabancı otlara neden olabilir.
-
Genetiği değiştirilmiş organizmaların üretim ve ticareti, sosyo-ekonomik yapıya da etki etmektedir. Bu organizmaların patentli olması, biyoteknoloji şirketlerinin küçük çiftçiler üzerinde baskı kurmasına, gıda güvenliği ve egemenliğinin tehlikeye girmesine, geleneksel tohumların kaybolmasına yol açabilir.
-
Genetiği değiştirilmiş organizmaların etiketlenmesi, tüketicilerin bilinçli seçim yapabilmesi için önemlidir. Ancak Türkiye’de bu konuda yeterli bir düzenleme ve denetim yoktur. Tüketiciler genellikle genetiği değiştirilmiş ürünleri tanıyamaz, riskleri hakkında yeterli bilgiye sahip değildir ve bu ürünleri tercih etmezler .