Bataklıkların ekolojik önemi, hem biyolojik çeşitlilik hem de ekosistem hizmetleri açısından çok büyüktür. Bataklıklar, birçok bitki ve hayvan türüne yaşam alanı sağlarlar. Bazı bataklık bitkileri, endemik veya nesli tükenmekte olan türlerdir. Bataklık hayvanları arasında kuşlar, balıklar, kurbağalar, sürüngenler, memeliler ve böcekler bulunur. Bataklıklar, ayrıca göçmen kuşların konaklama ve beslenme yeri olarak önemli bir rol oynarlar.
Bataklıklar, ekosistem hizmetleri olarak da birçok fayda sağlarlar. Bataklıklar, su kalitesini iyileştirirler, çünkü suyu filtreleyerek kirleticileri ve besin maddelerini tutarlar. Bataklıklar, su baskını ve erozyonu önlerler, çünkü suyu depolarlar ve akış hızını azaltırlar. Bataklıklar, iklim değişikliğine karşı da koruyucudurlar, çünkü büyük miktarda karbonu toprakta saklarlar ve sera gazı emisyonlarını azaltırlar. Bataklıklar, ayrıca insanlara rekreasyon, eğitim, araştırma ve estetik değer sunarlar.
Bataklıkların ekolojik önemi göz önüne alındığında, bu değerli ekosistemleri korumak ve yönetmek gerekmektedir. Bataklıklar, insan müdahalesi, kirlilik, kurutma, tarım, madencilik, yol yapımı gibi tehditlerle karşı karşıyadır. Bu tehditler bataklık alanlarını azaltmakta ve bozmaktadır. Bu nedenle bataklıkları korumak için yasal düzenlemeler, eğitim programları, restorasyon projeleri ve sürdürülebilir kullanım stratejileri geliştirilmelidir.