Baba İshak isyanı, Anadolu Selçuklu Devleti topraklarında 1240 yılında Vefaiyye takipçilerinden Baba İlyas Horasani ve müridi Baba İshak tarafından çıkartılan bir ayaklanmadır. Ayaklanma, Türkmenlerin ekonomik ve siyasi sıkıntıları, Moğol baskısı, Selçuklu yönetiminin zayıflığı ve vergi yükü gibi nedenlerle başlamıştır. Ayaklanma, Güneydoğu Anadolu’dan başlayarak Orta Anadolu’ya kadar yayılmış ve Selçuklu ordusunu birçok kez yenilgiye uğratmıştır. Ayaklanma, 1242 yılında Malya Ovası’nda yapılan savaşta Selçuklu ordusunun zaferiyle son bulmuştur. Baba İshak idam edilmiş, Baba İlyas ise kaçmıştır. Ayaklanmanın sonuçları ise şunlardır:
-
Anadolu Selçuklu Devleti güç kaybetmiş ve Moğol egemenliğine girmiştir.
-
Anadolu’da ekonomik ve sosyal durum bozulmuştur.
-
Babailer hareketi, Anadolu’da dini ve siyasi bir akım olarak devam etmiştir.