Konferans, Müttefik devletler arasındaki görüş ayrılıklarını da ortaya çıkarmıştır. Özellikle Sovyetler Birliği’nin Doğu Avrupa’daki etkisi, Boğazlar ve Libya konusundaki talepleri, atom bombasının kullanımı ve Çin’in konferansa dahil edilmemesi gibi konularda anlaşmazlıklar yaşanmıştır. Bu nedenle, Potsdam Konferansı, Soğuk Savaş’ın başlangıcı olarak da kabul edilir.