Proteinlerin kimyasal sindiriminin başladığı organ mide'dir. Mide, proteinleri sindirmeye yönelik olarak pepsin adlı enzim salgılar. Pepsin, mide asidi (hidroklorik asit) tarafından aktif hale gelir ve proteinleri polipeptitlere yani daha küçük peptit zincirlerine parçalar. Mide asidi ayrıca proteinin denatüre olmasını sağlar, bu da pepsinin etkili olmasını kolaylaştırır. Proteinlerin daha ileri derecede sindirimi ince bağırsakta, pankreas enzimleri (tripsin, kimotripsin) tarafından devam ettirilir.
