Mehmet Rifat Efendi, Millî Mücadele'nin en başından itibaren Mustafa Kemal Paşa'nın yanında yer almış ve harekete büyük destek vermiştir. Ankara'da "Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti"ni kurarak, halkın bilinçlenmesi ve örgütlenmesi için çalışmıştır. Bu cemiyet, Millî Mücadele'nin Anadolu'da yayılması ve güçlenmesi açısından çok önemli bir rol oynamıştır. Yani, Mehmet Rifat Efendi sadece dini bir lider olarak değil, aynı zamanda bir vatansever ve teşkilatçı olarak da ön plana çıkmıştır.
Daha sonra, Mehmet Rifat Efendi'nin en önemli katkılarından biri de, Mustafa Kemal Paşa ve Heyet-i Temsiliye'nin Ankara'yı merkez olarak seçmesinde etkili olmasıdır. O dönemde Ankara, İstanbul'a göre daha güvenli bir konumdaydı ve Millî Mücadele'nin merkezi olması için stratejik bir öneme sahipti. Mehmet Rifat Efendi'nin Ankara'nın önde gelenlerinden biri olması ve halk nezdindeki saygınlığı, bu kararın alınmasında etkili olmuştur. Hatta Mustafa Kemal Paşa ve arkadaşlarının Ankara'ya gelişlerinin ilk haftasında, Mehmet Rifat Efendi'nin önderliğinde Ankaralılar para toplayarak Heyet'e destek olmuşlardır. Bu da gösteriyor ki, Mehmet Rifat Efendi sadece sözleriyle değil, eylemleriyle de Millî Mücadele'ye katkı sağlamıştır.
Bir diğer önemli nokta ise, Mehmet Rifat Efendi'nin Şeyhülislam Dürrizade'nin Millî Mücadele aleyhindeki fetvasına karşı çıkması ve Ankara Fetvası'nı yayınlamasıdır. O dönemde, dini otoritelerin görüşleri halk üzerinde büyük bir etkiye sahipti. Şeyhülislam'ın fetvası, Millî Mücadele'yi zayıflatmayı amaçlıyordu. Ancak Mehmet Rifat Efendi'nin cesurca karşı fetva yayınlaması, Millî Mücadele'nin meşruiyetini güçlendirmiş ve halkın moralini yükseltmiştir. Bu durum, Mehmet Rifat Efendi'nin ne kadar cesur ve inançlı bir lider olduğunu göstermektedir. Mehmet Rifat Börekçi, Millî Mücadele'nin başından sonuna kadar Mustafa Kemal Paşa'nın yanında yer almış, Ankara'nın merkez olmasında etkili olmuş, halkı örgütlemiş ve en önemlisi, Millî Mücadele'nin dini meşruiyetini savunmuştur.
