Karaciğer ve pankreas, sindirim sisteminin en önemli yardımcı organlarıdır ve temel görevleri şunlardır:
Karaciğerin sindirim sistemine yardımcı temel görevi safra üretmektir. Üretilen safra, safra kesesinde depolanır ve ince bağırsağa salgılanır. Safra, yağların büyük damlacıklarını daha küçük damlacıklara ayırarak mekanik sindirimini gerçekleştirir. Bu durum, yağları kimyasal olarak sindirecek olan lipaz enziminin daha kolay çalışması için yağların yüzey alanını artırır.
Pankreasın sindirim sistemine yardımcı temel görevi ise hem enzim hem de bikarbonat açısından zengin olan pankreas özsuyunu üretmek ve ince bağırsağa salgılamaktır. Pankreas özsuyu, karbonhidratları sindiren amilaz, proteinleri sindiren tripsinojen gibi inaktif enzimler ve yağları sindiren lipaz gibi temel sindirim enzimlerini içerir. Ayrıca, mideden ince bağırsağa gelen asidik kimusu nötralize ederek, ince bağırsak enzimlerinin çalışması için uygun olan bazik ortamı sağlayan bikarbonat iyonlarını da salgılar.