Lenf düğümlerinin vücut savunmasındaki temel işlevi, bir çeşit filtre görevi görmektir. Vücudu dolaşan lenf sıvısı bu düğümlere geldiğinde, lenf düğümleri içindeki akyuvarlar ve bağışıklık hücreleri, lenf sıvısının içindeki bakteri, virüs, kanser hücresi gibi zararlı ve yabancı maddeleri yakalar.
Bu düğümler, özellikle lenfosit adı verilen akyuvarların bir araya toplandığı ve çoğaldığı yerlerdir. Yabancı bir madde yakalandığında, buradaki bağışıklık hücreleri hızla çoğalır, aktifleşir ve o maddeye özgü savunma tepkilerini başlatır. Lenf düğümleri, zararlı maddelerin vücudun diğer bölgelerine yayılmasını engellerken, aynı zamanda enfeksiyonla savaşacak bağışıklık hücrelerinin üretildiği ve hazırlandığı merkezi alanlar olarak çalışır. Bu yüzden bir enfeksiyon sırasında boyun, koltuk altı veya kasık bölgelerindeki lenf düğümlerinin şişmesi, vücudun savunma mekanizmasının çalıştığının bir işaretidir.
